Se encarga del trabajo organizativo y administrativo cotidiano, bajo la supervisión del Colegio Oficial de Biólogos de Andalucía.
La Secretaría está constituida por el Coordinador del I Congreso ECOFUTURO, D. Alberto Puig Higuera, apoyado por un equipo administrativo y técnico, que dispone de la sedes del Colegio Oficial de Biólogos de Andalucía para dicha labor, con funciones de enlace con los medios de comunicación, coordinación del panel de expertos, gestión de ponencias, coordinación con las Administraciones Públicas, colaboradores y patrocinadores, y mantenimiento de esta web.